مرحوم ملا حسن نائینی در گوهر شب چراغ(جلد دوم) صفحه 3 در باره علم جفرآورده است:گویند جفر در لغت به معنی پوست بزغاله است یا آن که به معنای چاه روشن است و گویند اسم جعفر در اصل جفر بوده و الحاق عین به جهت اشاره ی به آن است که از زمان واضع حقیقی این علم که حضرت امیر المومنین علیه السلام است تا زمان شارح و مکمل و مفصل آن که حضرت صادق علیه السلام است هفتاد سال بوده، که عدد «عین» می باشد….
اماراقم این سطور گوید : علم حروف و اعداد را از قرآن نیز می توان استنباط نمود زیرا:
اولاً ؛افتتاح 29 سوره ی قرآنی با حروفی رمزی است مانند : الم،حم، المرا،ن،ق،ص،طس ،کهعیص ،و….،که درهر کدام خواص و اسرار خاص خود نهفته است که جز اهل سرّ از آن مطلع نیستند.
ثانیاً ؛ خداوند در آیه 41 آل عمران می فرماید : قالَ رَبِّ اجْعَلْ لِي آيَةً قالَ آيَتُکَ أَلاَّ تُکَلِّمَ النَّاسَ ثَلاثَةَ أَيَّامٍ إِلاَّ رَمْزاً وَ اذْکُرْ رَبَّکَ کَثِيراً وَ سَبِّحْ بِالْعَشِيِّ وَ الْإِبْکارِ- گفت: «پروردگارا، براى من نشانهاى قرار ده.» فرمود: «نشانهات اين است كه سه روز با مردم، جز به اشاره سخن نگويى؛ و پروردگارت را بسيار يادكن، و شبانگاه و بامدادان [او را] تسبيح گوى.»
مدت سه روز به صورت اشاره سخن گفتن همان رمزی بودن و اسراری بودن مطلب را می رساند که نوعی ریاضت نفس است و سالک الی الله با استفاده علم حروف و اعداد هم از همین روشها استفاده می کند.
ثالثاً؛ در سوره الرحمن 31 مرتبه آیه ی شریفه ی « فَبِأَيِّ آلاءِ رَبِّکُما تُکَذِّبانِ » تکرار شده است ، این تکرار آیه ، اهمیت عدد در خواص آیات را می رساند.